Pondok Hidayah II terletak di Kampung Merkel, Batu 30, Daerah Panyit, Machang, Kelantan. Jaraknya adalah 8 kilometer dari bandar Machang dan 1 kilometer dari jalan masuk (jalan Machang ke Kuala Krai) ke kawasan Pondok Hidayah II. Keluasan kawasan Pondok Hidayah II ini adalah seluas 20 ekar di atas tanah rezab kerajaan di pinggir Bukit Kepang, Panyit. Urusan pentadbiran dan pengurusan Pondok Hidayah II adalah dibawah pentadbiran jawatan kuasa pondok dan Pejabat Tanah Dan Jajahan Machang.

 

Pondok ini telah didaftarkan di bawah Majlis Kebajikan Semenanjung Malaysia. Selain menerima dana daripada kerajaan negeri, pondok ini turut mendapat sumbangan daripada Kerajaan Persekutuan. Terdapat pelbagai aktiviti keagamaan yang dijalankan di Pondok Hidayah II ini dan amat mengalu-alukan kedatangan orang-orang yang ingin mempelajari ilmu agama dengan lebih mendalam lagi. Dianggarkan jumlah penghuni Pondok Hidayah II pada tahun 2015 adalah seramai 600 orang.